Однонуклеотидный полиморфизм
(англ. Single nucleotide polymorphism, SNP) — различие последовательностей ДНК в одинаковых участках хромосом на один нуклеотид (Aденин (A), Tимин (T), Гуанин (G) или Цитозин (С)).
Если в последовательности гена имеется участок с заменой одного нуклеотида на другой, например TAGGCT и TATGCT, то говорят о существовании двух аллелей данного гена — G-аллель и Т-аллель.
SNP используются в качестве молекулярно-генетических маркеров.
Для анализа SNP
Общее число SNP (однонуклеотидных полиморфизмов) в геноме человека составляет приблизительно 10-13 миллионов. Полиморфизмы, затрагивающие кодирующие части генов, нередко приводят к аминокислотным заменам и появлению белков с новыми функциональными свойствами. Скрининг SNP позволяет определить наследственную предрасположенность к различным мультифакторным заболеваниям, а также прогнозировать индивидуальную чувствительность к фармакологическим препаратам.
Компания Синтол предлагает наборы «SNP-Скрин» для определения однонуклеотидных полиморфизмов методом ПЦР в реальном времени. В каждом наборе используется два аллель-специфичных зонда, которые позволяют детектировать два аллеля исследуемого полиморфизма.
Принцип детекции SNP наборами «SNP-Скрин»
- Ключевым элементом наших наборов является пара аллель-специфичных зондов, позволяющих раздельно детектировать продукты ПЦР-РВ на двух каналах флуоресценции. Результаты реакции на двух каналах позволяют однозначно определить присутствие каждого из аллелей исследуемого полиморфизма.
- Наши зонды позволяют получить оптимальное разрешение и уровень сигнала при заданной температуре реакции. Это обеспечивается тщательным подбором зондов с использованием специальных алгоритмов, введением модификаций последовательность, контролем реальной разрешающей способности.
Пример анализа образцов на определение полиморфизма G1691A (Arg506Gln) гена фактора V (фактор Лейден) свёртывания крови на приборе для ПЦР в реальном времени «АНК-32»
| Wild-type образец, «норма» (генотип G/G). Рост сигнала флуоресценции наблюдается по каналу красителя FAM. |
| Гетерозиготный образец (генотип G/A). Рост сигнала флуоресценции наблюдается по каналу красителя FAM и R6G. |
| Mutant-type гомозиготный образец (генотип A/A). Рост сигнала флуоресценции наблюдается по каналу красителя R6G. |
Гипертоническая болезнь
Ген
Полиморфизм
ген β1-адренергического рецептора
ген цитохрома P450, семейство 3A, тип 5
Ишемическая болезнь сердца, инфаркт миокарда
Ген
Полиморфизм
ген рецептора-1 окисленного
липопротеина низкой плотности
ген эндотелиальной NO-синтазы
Патология репродуктивной системы. Осложнения беременности.
Ген
Полиморфизм
ген Β-цепи лютеинизирующего
ген KIT рецепторного белка
ген KIT лиганда
2-BP DEL, FS87TER
ген Аврора киназы C
Гипоплазия клеток Лейдига
Ген
Полиморфизм
ген рецептора лютеинизирующего
ген рецептора лютеинизирующего
del -6bp Leu608/Val609
Гипогонадизм
Ген
Полиморфизм
ген рецептора гонадотропин-рилизинг-
ген рецептора гонадотропин-рилизинг-
Преэклампсия
Ген
Полиморфизм
ген микросомальной эпоксидгидролазы-1
ген микросомальной эпоксидгидролазы-1
ген глутатион S-трансферазы P1
ген глутатион S-трансферазы P1
Ген
Полиморфизм
ген цитохрома P450, семейство 1A,
ген глутатион-пероксидазы 4
ген Janus kinase2
ген рецептора тромбопоэтина
Бронхиальная астма
Ген
Полиморфизм
ген β2-адренергического рецептора
ген β2-адренергического рецептора
Ген
Полиморфизм
ген фактора V свертывания крови (фактор
ген ингибитора активатора плазминогена
ген фактора XIII свертывания крови
ген гликопротеина IIIa
Ген
Полиморфизм
ген аполипопротеина B
ген β2-адренергического рецептора
ген β2-адренергического рецептора
Дефекты нервной трубки
Ген
Полиморфизм
ген 5-метилтетрагидрофолат-
гомоцистеин-метилтрансферазы
Врождённая глухота
Ген
Полиморфизм
ген белка щелевых контактов коннексина-26
Наследственная форма гемохроматоза
Ген
Полиморфизм
Нарушение микроциркуляции при сахарном диабете
Ген
Полиморфизм
ген супероксиддисмутазы 2
Чувствительность к варфарину
Ген
Полиморфизм
ген эпоксидредуктазы витамина К, субъединица 1
ген эпоксидредуктазы витамина К, субъединица 1
ген эпоксидредуктазы витамина К, субъединица 1
Array ( [ACTION_VARIABLE] => action [AJAX_MODE] => N [AJAX_OPTION_HISTORY] => N [AJAX_OPTION_JUMP] => N [AJAX_OPTION_STYLE] => Y [BASKET_URL] => /personal/basket/ [CACHE_FILTER] => N [CACHE_GROUPS] => Y [CACHE_TIME] => 36000 [CACHE_TYPE] => A [DETAIL_BROWSER_TITLE] => SEO_TITLE [DETAIL_META_DESCRIPTION] => SEO_DESCRIPTION [DETAIL_META_KEYWORDS] => SEO_KEYWORDS [DETAIL_PROPERTY_CODE] => Array ( [0] => [1] => DOP_FILE [2] => ) [DISPLAY_BOTTOM_PAGER] => Y [DISPLAY_TOP_PAGER] => N [ELEMENT_SORT_FIELD] => sort [ELEMENT_SORT_ORDER] => asc [IBLOCK_ID] => 3 [IBLOCK_TYPE] => tcatalog [INCLUDE_SUBSECTIONS] => N [LINE_ELEMENT_COUNT] => 1 [LINK_ELEMENTS_URL] => link.php?PARENT_ELEMENT_ID=#ELEMENT_ID# [LINK_IBLOCK_ID] => [LINK_IBLOCK_TYPE] => [LINK_PROPERTY_SID] => [LIST_BROWSER_TITLE] => UF_TITLE [LIST_META_DESCRIPTION] => UF_SEO_DESCRIPTION [LIST_META_KEYWORDS] => UF_KEYWORDS [LIST_PROPERTY_CODE] => Array ( [0] => HIDDEN_IN_CATALOG_SECTION [1] => ) [PAGER_DESC_NUMBERING] => N [PAGER_DESC_NUMBERING_CACHE_TIME] => 36000 [PAGER_SHOW_ALL] => N [PAGER_SHOW_ALWAYS] => N [PAGER_TEMPLATE] => [PAGER_TITLE] => Товары [PAGE_ELEMENT_COUNT] => 30 [PRICE_CODE] => Array ( [0] => retail ) [PRICE_VAT_INCLUDE] => Y [PRICE_VAT_SHOW_VALUE] => N [PRODUCT_ID_VARIABLE] => id [PRODUCT_QUANTITY_VARIABLE] => quantity [SECTION_COUNT_ELEMENTS] => N [SECTION_ID_VARIABLE] => SECTION_ID [SECTION_TOP_DEPTH] => 1 [SEF_FOLDER] => /catalog/ [SEF_MODE] => Y [SET_STATUS_404] => Y [SET_TITLE] => Y [SHOW_PRICE_COUNT] => 1 [SHOW_TOP_ELEMENTS] => N [USE_COMPARE] => N [USE_ELEMENT_COUNTER] => Y [USE_FILTER] => N [USE_PRICE_COUNT] => N [USE_PRODUCT_QUANTITY] => N [USE_REVIEW] => N [USE_STORE] => N [COMPONENT_TEMPLATE] => product [USER_CONSENT] => N [USER_CONSENT_ID] => 0 [USER_CONSENT_IS_CHECKED] => Y [USER_CONSENT_IS_LOADED] => N [AJAX_OPTION_ADDITIONAL] => [USE_MAIN_ELEMENT_SECTION] => N [DETAIL_STRICT_SECTION_CHECK] => N [SET_LAST_MODIFIED] => N [ADD_SECTIONS_CHAIN] => Y [ADD_ELEMENT_CHAIN] => N [COMPOSITE_FRAME_MODE] => A [COMPOSITE_FRAME_TYPE] => AUTO [ADD_PROPERTIES_TO_BASKET] => Y [PRODUCT_PROPS_VARIABLE] => prop [PARTIAL_PRODUCT_PROPERTIES] => N [PRODUCT_PROPERTIES] => Array ( ) [ELEMENT_SORT_FIELD2] => id [ELEMENT_SORT_ORDER2] => desc [SECTION_BACKGROUND_IMAGE] => - [DETAIL_SET_CANONICAL_URL] => N [DETAIL_CHECK_SECTION_ID_VARIABLE] => N [DETAIL_BACKGROUND_IMAGE] => - [SHOW_DEACTIVATED] => N [PAGER_BASE_LINK_ENABLE] => N [SHOW_404] => N [MESSAGE_404] => [COMPATIBLE_MODE] => Y [DISABLE_INIT_JS_IN_COMPONENT] => N [HIDE_NOT_AVAILABLE] => N [HIDE_NOT_AVAILABLE_OFFERS] => N [CONVERT_CURRENCY] => N [SHOW_SKU_DESCRIPTION] => N [USE_ALSO_BUY] => N [USE_GIFTS_DETAIL] => Y [USE_GIFTS_SECTION] => Y [USE_GIFTS_MAIN_PR_SECTION_LIST] => Y [GIFTS_DETAIL_PAGE_ELEMENT_COUNT] => 4 [GIFTS_DETAIL_HIDE_BLOCK_TITLE] => N [GIFTS_DETAIL_BLOCK_TITLE] => Выберите один из подарков [GIFTS_DETAIL_TEXT_LABEL_GIFT] => Подарок [GIFTS_SECTION_LIST_PAGE_ELEMENT_COUNT] => 4 [GIFTS_SECTION_LIST_HIDE_BLOCK_TITLE] => N [GIFTS_SECTION_LIST_BLOCK_TITLE] => Подарки к товарам этого раздела [GIFTS_SECTION_LIST_TEXT_LABEL_GIFT] => Подарок [GIFTS_SHOW_DISCOUNT_PERCENT] => Y [GIFTS_SHOW_OLD_PRICE] => Y [GIFTS_SHOW_NAME] => Y [GIFTS_SHOW_IMAGE] => Y [GIFTS_MESS_BTN_BUY] => Выбрать [GIFTS_MAIN_PRODUCT_DETAIL_PAGE_ELEMENT_COUNT] => 4 [GIFTS_MAIN_PRODUCT_DETAIL_HIDE_BLOCK_TITLE] => N [GIFTS_MAIN_PRODUCT_DETAIL_BLOCK_TITLE] => Выберите один из товаров, чтобы получить подарок [DETAIL_SET_VIEWED_IN_COMPONENT] => N [SEF_URL_TEMPLATES] => Array ( [sections] => [section] => #SECTION_CODE#/ [element] => #SECTION_CODE#/#ELEMENT_CODE#.html [compare] => compare.php?action=#ACTION_CODE# [smart_filter] => #SECTION_CODE#/filter/#SMART_FILTER_PATH#/apply/ ) [VARIABLE_ALIASES] => Array ( [compare] => Array ( [ACTION_CODE] => action ) ) [~ACTION_VARIABLE] => action [~AJAX_MODE] => N [~AJAX_OPTION_HISTORY] => N [~AJAX_OPTION_JUMP] => N [~AJAX_OPTION_STYLE] => Y [~BASKET_URL] => /personal/basket/ [~CACHE_FILTER] => N [~CACHE_GROUPS] => Y [~CACHE_TIME] => 36000 [~CACHE_TYPE] => A [~DETAIL_BROWSER_TITLE] => SEO_TITLE [~DETAIL_META_DESCRIPTION] => SEO_DESCRIPTION [~DETAIL_META_KEYWORDS] => SEO_KEYWORDS [~DETAIL_PROPERTY_CODE] => Array ( [0] => [1] => DOP_FILE [2] => ) [~DISPLAY_BOTTOM_PAGER] => Y [~DISPLAY_TOP_PAGER] => N [~ELEMENT_SORT_FIELD] => sort [~ELEMENT_SORT_ORDER] => asc [~IBLOCK_ID] => 3 [~IBLOCK_TYPE] => tcatalog [~INCLUDE_SUBSECTIONS] => N [~LINE_ELEMENT_COUNT] => 1 [~LINK_ELEMENTS_URL] => link.php?PARENT_ELEMENT_ID=#ELEMENT_ID# [~LINK_IBLOCK_ID] => [~LINK_IBLOCK_TYPE] => [~LINK_PROPERTY_SID] => [~LIST_BROWSER_TITLE] => UF_TITLE [~LIST_META_DESCRIPTION] => UF_SEO_DESCRIPTION [~LIST_META_KEYWORDS] => UF_KEYWORDS [~LIST_PROPERTY_CODE] => Array ( [0] => HIDDEN_IN_CATALOG_SECTION [1] => ) [~PAGER_DESC_NUMBERING] => N [~PAGER_DESC_NUMBERING_CACHE_TIME] => 36000 [~PAGER_SHOW_ALL] => N [~PAGER_SHOW_ALWAYS] => N [~PAGER_TEMPLATE] => [~PAGER_TITLE] => Товары [~PAGE_ELEMENT_COUNT] => 30 [~PRICE_CODE] => Array ( [0] => retail ) [~PRICE_VAT_INCLUDE] => Y [~PRICE_VAT_SHOW_VALUE] => N [~PRODUCT_ID_VARIABLE] => id [~PRODUCT_QUANTITY_VARIABLE] => quantity [~SECTION_COUNT_ELEMENTS] => N [~SECTION_ID_VARIABLE] => SECTION_ID [~SECTION_TOP_DEPTH] => 1 [~SEF_FOLDER] => /catalog/ [~SEF_MODE] => Y [~SET_STATUS_404] => Y [~SET_TITLE] => Y [~SHOW_PRICE_COUNT] => 1 [~SHOW_TOP_ELEMENTS] => N [~USE_COMPARE] => N [~USE_ELEMENT_COUNTER] => Y [~USE_FILTER] => N [~USE_PRICE_COUNT] => N [~USE_PRODUCT_QUANTITY] => N [~USE_REVIEW] => N [~USE_STORE] => N [~COMPONENT_TEMPLATE] => product [~USER_CONSENT] => N [~USER_CONSENT_ID] => 0 [~USER_CONSENT_IS_CHECKED] => Y [~USER_CONSENT_IS_LOADED] => N [~AJAX_OPTION_ADDITIONAL] => [~USE_MAIN_ELEMENT_SECTION] => N [~DETAIL_STRICT_SECTION_CHECK] => N [~SET_LAST_MODIFIED] => N [~ADD_SECTIONS_CHAIN] => Y [~ADD_ELEMENT_CHAIN] => N [~COMPOSITE_FRAME_MODE] => A [~COMPOSITE_FRAME_TYPE] => AUTO [~ADD_PROPERTIES_TO_BASKET] => Y [~PRODUCT_PROPS_VARIABLE] => prop [~PARTIAL_PRODUCT_PROPERTIES] => N [~PRODUCT_PROPERTIES] => Array ( ) [~ELEMENT_SORT_FIELD2] => id [~ELEMENT_SORT_ORDER2] => desc [~SECTION_BACKGROUND_IMAGE] => - [~DETAIL_SET_CANONICAL_URL] => N [~DETAIL_CHECK_SECTION_ID_VARIABLE] => N [~DETAIL_BACKGROUND_IMAGE] => - [~SHOW_DEACTIVATED] => N [~PAGER_BASE_LINK_ENABLE] => N [~SHOW_404] => N [~MESSAGE_404] => [~COMPATIBLE_MODE] => Y [~DISABLE_INIT_JS_IN_COMPONENT] => N [~HIDE_NOT_AVAILABLE] => N [~HIDE_NOT_AVAILABLE_OFFERS] => N [~CONVERT_CURRENCY] => N [~SHOW_SKU_DESCRIPTION] => N [~USE_ALSO_BUY] => N [~USE_GIFTS_DETAIL] => Y [~USE_GIFTS_SECTION] => Y [~USE_GIFTS_MAIN_PR_SECTION_LIST] => Y [~GIFTS_DETAIL_PAGE_ELEMENT_COUNT] => 4 [~GIFTS_DETAIL_HIDE_BLOCK_TITLE] => N [~GIFTS_DETAIL_BLOCK_TITLE] => Выберите один из подарков [~GIFTS_DETAIL_TEXT_LABEL_GIFT] => Подарок [~GIFTS_SECTION_LIST_PAGE_ELEMENT_COUNT] => 4 [~GIFTS_SECTION_LIST_HIDE_BLOCK_TITLE] => N [~GIFTS_SECTION_LIST_BLOCK_TITLE] => Подарки к товарам этого раздела [~GIFTS_SECTION_LIST_TEXT_LABEL_GIFT] => Подарок [~GIFTS_SHOW_DISCOUNT_PERCENT] => Y [~GIFTS_SHOW_OLD_PRICE] => Y [~GIFTS_SHOW_NAME] => Y [~GIFTS_SHOW_IMAGE] => Y [~GIFTS_MESS_BTN_BUY] => Выбрать [~GIFTS_MAIN_PRODUCT_DETAIL_PAGE_ELEMENT_COUNT] => 4 [~GIFTS_MAIN_PRODUCT_DETAIL_HIDE_BLOCK_TITLE] => N [~GIFTS_MAIN_PRODUCT_DETAIL_BLOCK_TITLE] => Выберите один из товаров, чтобы получить подарок [~DETAIL_SET_VIEWED_IN_COMPONENT] => N [~SEF_URL_TEMPLATES] => Array ( [sections] => [section] => #SECTION_CODE#/ [element] => #SECTION_CODE#/#ELEMENT_CODE#.html [compare] => compare.php?action=#ACTION_CODE# [smart_filter] => #SECTION_CODE#/filter/#SMART_FILTER_PATH#/apply/ ) [~VARIABLE_ALIASES] => Array ( [compare] => Array ( [ACTION_CODE] => action ) ) [FILTER_NAME] => [COMPARE_NAME] => [COMPARE_FIELD_CODE] => Array ( ) [COMPARE_PROPERTY_CODE] => Array ( ) [COMPARE_OFFERS_FIELD_CODE] => Array ( ) [COMPARE_OFFERS_PROPERTY_CODE] => Array ( ) [COMPARE_ELEMENT_SORT_FIELD] => SORT [COMPARE_ELEMENT_SORT_ORDER] => ASC [DISPLAY_ELEMENT_SELECT_BOX] => N [ELEMENT_SORT_FIELD_BOX] => NAME [ELEMENT_SORT_ORDER_BOX] => ASC [ELEMENT_SORT_FIELD_BOX2] => ID [ELEMENT_SORT_ORDER_BOX2] => DESC [CURRENCY_ID] => [STORES] => Array ( ) [SHOW_EMPTY_STORE] => [SHOW_GENERAL_STORE_INFORMATION] => [USER_FIELDS] => Array ( ) [PAGER_PARAMS_NAME] => [PAGER_BASE_LINK] => [FILE_404] => [INSTANT_RELOAD] => [LABEL_PROP] => [LABEL_PROP_MOBILE] => [LABEL_PROP_POSITION] => [ADD_PICT_PROP] => [DISCOUNT_PERCENT_POSITION] => [SHOW_MAX_QUANTITY] => [LIST_PRODUCT_BLOCKS_ORDER] => [LIST_SHOW_SLIDER] => [LIST_PROPERTY_CODE_MOBILE] => [LIST_PRODUCT_ROW_VARIANTS] => [LIST_ENLARGE_PRODUCT] => [PRODUCT_SUBSCRIPTION] => [LAZY_LOAD] => [LOAD_ON_SCROLL] => [~MESS_BTN_BUY] => [MESS_BTN_BUY] => [~MESS_BTN_ADD_TO_BASKET] => [MESS_BTN_ADD_TO_BASKET] => [~MESS_BTN_COMPARE] => [MESS_BTN_COMPARE] => [~MESS_BTN_DETAIL] => [MESS_BTN_DETAIL] => [~MESS_NOT_AVAILABLE] => [MESS_NOT_AVAILABLE] => [~MESS_NOT_AVAILABLE_SERVICE] => [MESS_NOT_AVAILABLE_SERVICE] => [~MESS_BTN_SUBSCRIBE] => [MESS_BTN_SUBSCRIBE] => [~MESS_BTN_LAZY_LOAD] => [MESS_BTN_LAZY_LOAD] => ) 1
- ОЛИГОНУКЛЕОТИДЫ и зонды для ПЦР в реальном времени
- ПЦР-смеси для научно-исследовательских лабораторий
- Наборы реагентов для выделения ДНК и РНК
- Для диагностики ТУБЕРКУЛЁЗА
- Для диагностики COVID-19 и других ООИ
- Для анализа ДНК в КРИМИНАЛИСТИКЕ
- Для анализа ГМО
- Для идентификации СЫРЬЕВОГО СОСТАВА мясной и рыбной продукции
- Для выявления ФИТОПАТОГЕНОВ
- Для ВЕТЕРИНАРИИ
- Для анализа SNP
- Для диагностики прочих ИНФЕКЦИОННЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ человека
- Реагенты для ГЕНЕТИЧЕСКИХ АНАЛИЗАТОРОВ
- Прочие реагенты для молекулярной биологии
- ОБОРУДОВАНИЕ для ПЦР и генетического анализа
- ЛАБОРАТОРНЫЙ ПЛАСТИК
Контакты 127434, Москва, Тимирязевская 42, корпус Б, офис 316
Компания СИНТОЛ
- +7 (495) 984-69-93 многоканальный
- +7 (499) 977-74-55
- +7 (495) 506-79-97
Однонуклеотидный полиморфизм — Single-nucleotide polymorphism
Положение одного нуклеотида в геномной ДНК, в котором существуют разные альтернативы последовательности Верхняя молекула ДНК отличается от нижней молекулы ДНК в месте расположения одной пары оснований (полиморфизм C / A)
A однонуклеотидный полиморфизм (SNP ; ; множественное число ) представляет собой замену одного нуклеотида в конкретном положении в геноме, который присутствует в достаточно большой части популяции (например, 1% или более).
Например, в определенном положении основания в геноме человека нуклеотид C может появляться у большинства людей, но у меньшинства людей это положение занимает А. Это означает, что в этом конкретном положении есть SNP, и два возможных варианта нуклеотидов — C или A — считаются аллелями для этого конкретного положения.
SNP выявляют различия в нашей восприимчивости к широкому спектру заболеваний (например, серповидноклеточной анемии, β-талассемии и кистозный фиброз результат SNP). Тяжесть болезни и то, как организм реагирует на лечение, также являются проявлением генетических вариаций. Например, одноосновная мутация в гене APOE (аполипопротеин E ) связана с более низким риском болезни Альцгеймера.
A однонуклеотидного варианта (SNV ) представляет собой вариацию одного нуклеотида без каких-либо ограничений по частоте. SNV отличается от SNP, потому что, когда SNV обнаруживается в образце от одного организма вида, SNV потенциально может быть SNP, но это не может быть определено только для одного организма. Однако SNP означает, что нуклеотид варьируется в популяции организмов вида. SNV могут возникать в соматических клетках. соматическое однонуклеотидное изменение (например, вызванное раком) также может называться однонуклеотидным изменением . SNV также часто возникают в молекулярной диагностике. Например, при разработке праймеров для ПЦР для обнаружения вирусов вирусная РНК или ДНК в одном образце пациента может содержать SNV.
- 1 Типы
- 2 Приложения
- 3 Частота
- 3.1 В геноме
- 3.2 В популяции
- 4.1 Клинические исследования
- 4.2 Судебная экспертиза
- 4.3 Фармакогенетика
- 4.4 Заболевания
Типы
однонуклеотидные полиморфизмы могут подпадать под кодирующие последовательности генов, некодирующих областей генов или в межгенных областях (областях между генами). SNP в кодирующей последовательности не обязательно изменяют последовательность аминокислот продуцируемого белка из-за вырожденности генетического кода.
SNP в кодирующей области бывают двух типов: синонимичные и несинонимичные SNP. Синонимичные SNP не влияют на последовательность белка, в то время как несинонимичные SNP изменяют аминокислотную последовательность белка. Несинонимичные SNP бывают двух типов: missense и nonsense.
SNP, которые не находятся в областях, кодирующих белок, могут по-прежнему влиять на сплайсинг генов, фактор транскрипции связывание, деградация информационной РНК, или последовательность некодирующей РНК. Экспрессия гена, на которую влияет этот тип SNP, называется eSNP (SNP экспрессии) и может располагаться выше или ниже гена.
Приложения
- Исследования ассоциаций могут определить, связан ли генетический вариант с заболеванием или признаком.
- SNP метки представляет собой типичный однонуклеотидный полиморфизм в области геном с высоким неравновесием сцепления (неслучайная ассоциация аллелей в двух или более локусах). Теговые SNP полезны в исследованиях ассоциации SNP для всего генома, в которых генотипируются сотни тысяч SNP по всему геному.
- Картирование гаплотипа : наборы аллелей или последовательностей ДНК могут быть сгруппированы таким образом, чтобы один SNP мог быть идентифицируют множество связанных SNP.
- Неравновесие по сцеплению (LD), термин, используемый в популяционной генетике, указывает на неслучайную ассоциацию аллелей в двух или более локусах, не обязательно на одной и той же хромосоме. Это относится к феномену, когда аллель SNP или последовательность ДНК, которые находятся близко друг к другу в геноме, как правило, наследуются вместе. На LD влияют два параметра: 1) Расстояние между SNP [чем больше расстояние, тем ниже LD]. 2) Скорость рекомбинации [чем ниже скорость рекомбинации, тем выше LD].
Частота
Более 335 миллионов SNP были обнаружены у людей из разных популяций. Типичный геном отличается от эталонного генома человека 4–5 миллионами сайтов, большинство из которых (более 99,9%) состоит из SNP и коротких индексов.
внутри генома
Геномное распределение SNP не однородны; SNP встречаются в некодирующих областях чаще, чем в кодирующих областях или, в общем, там, где действует естественный отбор и «фиксирует» аллель (устраняя другие варианты) SNP, который составляет наиболее благоприятную генетическую адаптацию. Другие факторы, такие как генетическая рекомбинация и частота мутаций, также могут определять плотность SNP.
Плотность SNP можно предсказать по наличию микросателлитов : микросателлиты AT, в частности, являются мощные предикторы плотности SNP, с длинными (AT) (n) повторяющимися участками, которые имеют тенденцию обнаруживаться в регионах со значительно сниженной плотностью SNP и низким содержанием GC.
внутри популяции
Существуют различия между человеческие популяции, поэтому аллель SNP, распространенный в одной географической или этнической группе, может быть намного реже в другой. Внутри популяции SNP можно присвоить частоту минорного аллеля — самую низкую частоту аллеля в локусе, которая наблюдается в конкретной популяции. Это просто меньшая из двух частот аллелей однонуклеотидных полиморфизмов.
Обладая этими знаниями, ученые разработали новые методы анализа популяционных структур у менее изученных видов. Благодаря использованию методов объединения стоимость анализа значительно снижается. Эти методы основаны на секвенировании популяции в объединенной выборке, а не на секвенировании каждого человека в популяции отдельно. С новыми инструментами биоинформатики появляется возможность исследовать структуру популяции, поток генов и миграцию генов, наблюдая частоты аллелей внутри всей популяции. Эти протоколы позволяют объединить преимущества SNP с микроспутниковыми маркерами. Однако в процессе теряется информация, такая как неравновесие сцепления и информация о зиготности.
Важность
Вариации в последовательностях ДНК человека могут влиять на то, как у людей развиваются заболевания и как они реагируют на патогены, химические вещества, лекарства, вакцины и другие агенты. SNP также важны для персонализированной медицины. Примеры включают биомедицинские исследования, судебную экспертизу, фармакогенетику и причинно-следственные связи, как указано ниже.
Клинические исследования
Наибольшее значение SNP в клинических исследованиях имеют для сравнения участков генома между когортами (например, с согласованными когортами с заболеванием и без) в полногеномные ассоциации исследований. SNP использовались в полногеномных ассоциативных исследованиях в качестве маркеров высокого разрешения при картировании генов, связанных с заболеваниями или нормальными признаками. SNP, не оказывающие заметного влияния на фенотип (так называемые молчащие мутации ), по-прежнему полезны в качестве генетических маркеров в полногеномных ассоциативных исследованиях из-за их количества и стабильной наследственности на протяжении поколений.
Криминалистика
SNP изначально использовались для сопоставления судебно-экспертного образца ДНК с подозреваемым, но постепенно отказались от него с развитием методик STR -содержащих дактилоскопии ДНК. Текущие методы секвенирования следующего поколения (NGS) могут позволить лучше использовать SNP-генотипирование в судебно-медицинском приложении, если избежать проблемных локусов. В будущем SNP могут быть использованы в криминалистике для определения некоторых фенотипических ключей, таких как цвет глаз, цвет волос, этническая принадлежность и т. Д. Kidd et al. продемонстрировали, что панель из 19 SNP может идентифицировать этническую группу с хорошей вероятностью совпадения (Pm = 10) в 40 изученных группах населения. Один из примеров того, как это может быть потенциально полезным, — это художественная реконструкция возможных преджизненных проявлений скелетных останков неизвестных людей. Хотя реконструкция лица может быть довольно точной, основанной исключительно на антропологических особенностях, другие данные, которые могут позволить более точное представление, включают цвет глаз, цвет кожи, цвет волос и т. Д.
В ситуации с небольшим количеством судебно-медицинских экспертиз образца или деградированного образца, методы SNP могут быть хорошей альтернативой методам STR из-за обилия потенциальных маркеров, возможности автоматизации и потенциального сокращения необходимой длины фрагмента до 60–80 п.н. При отсутствии совпадения STR в базе данных профиля ДНК ; различные SNP могут быть использованы для получения информации об этнической принадлежности, фенотипе, происхождении и даже идентичности.
Фармакогенетика
Некоторые SNP связаны с метаболизмом различных лекарств. SNP могут быть мутациями, такими как делеции, которые могут ингибировать или способствовать ферментативной активности; такое изменение ферментативной активности может привести к снижению скорости метаболизма лекарства. Связь широкого спектра заболеваний человека, таких как рак, инфекционные заболевания (СПИД, проказа, гепатит и т. д.) аутоиммунные, нейропсихиатрические и многие другие заболевания с разными SNP могут быть использованы в качестве фармакогеномных мишеней для лекарственной терапии.
Заболевание
Один SNP может вызвать менделевскую болезнь, хотя для сложных заболеваний SNP обычно не функционируют индивидуально, скорее, они работают в координации с другими SNP для проявления заболевание, описанное в разделе Остеопороз. Одним из первых успехов в этой области было обнаружение мутации одного основания в некодирующей области APOC3 (ген аполипопротеина C3), которая связана с более высоким риском гипертриглицеридемии и атеросклероза.
Все типы SNP могут иметь наблюдаемый фенотип или может привести к заболеванию:
- SNP в некодирующих областях могут проявляться в более высоком риске рака и могут влиять на структуру мРНК и восприимчивость к заболеванию. Некодирующие SNP также могут изменять уровень экспрессии гена как eQTL (локус количественного признака экспрессии).
- SNPs в кодирующих областях :
- синонимичные замены по определению не приводят к замене аминокислоты в белке, но все же могут влиять на его функцию другими способами. Примером может служить кажущаяся молчаливая мутация в гене 1 множественной лекарственной устойчивости (MDR1 ), который кодирует клеточный мембранный насос, который выталкивает лекарства из клетки, может замедлять трансляцию и позволять пептидной цепи складываться в необычная конформация, из-за которой мутантный насос становится менее функциональным (в белке MDR1, например, полиморфизм C1236T изменяет кодон GGC на GGT в положении 412 аминокислоты полипептида (оба кодируют глицин), а полиморфизм C3435T изменяет ATC на ATT в положении 1145 ( оба кодируют изолейцин)).
- несинонимичные замены :
- missense — однократное изменение основания приводит к изменению аминокислоты белка и его нарушению, что приводит к заболеванию (например, c1580G>T SNP в LMNA ген — положение 1580 (нуклеотид) в последовательности ДНК (кодон CGT), вызывающее замену гуанина на тимин, что дает кодон CTT в последовательности ДНК, приводит к уровень белка при замене аргинина на лейцин в позиции 527 на уровне фенотипа это проявляется в перекрытии мандибулоакральной дисплазии и синдрома прогерии )
- нонсенс — точечной мутации в последовательность ДНК, которая приводит к преждевременному стоп-кодону или бессмысленному кодону в транскрибированноймРНК и в усеченной, неполный и обычно нефункциональный белковый продукт (например, Муковисцидоз, вызванный мутацией G542X в гене трансмембранного регулятора проводимости кистозного фиброза ).
Примеры
- rs6311 и rs6313 являются SNP в гене рецептора серотонина 5-HT2A на хромосоме 13 человека.
- SNP в гене F5 вызывает лейденскую тромбофилию фактора V.
- является пример триаллельного SNP в гене CRP на хромосоме человека 1.
- TAS2R38 кодирует PTC способность дегустации и содержит 6 аннотированных SNP.
- rs148649884 и rs138055828 в гене FCN1, кодирующем M-фиколин, нарушили способность рекомбинантного M-фиколина связывать лиганд.
- интронный SNP в Исправление несоответствия ДНК ген PMS2 (rs1059060, Ser775Asn) связано с повышенным сперматозоидомповреждением ДНК и риском мужского бесплодия.
Базы данных
Как и для генов, биоинформатические базы данных существуют для SNP.
- dbSNP — это база данных SNP из Национального центра биотехнологической информации (NCBI). По состоянию на 8 июня 2015 г. в dbSNP было зарегистрировано 149 735 377 SNP у людей.
- Kaviar представляет собой сборник SNP из нескольких источников данных, включая dbSNP.
- SNPedia — это база данных в стиле вики, поддерживающая аннотации личного генома., интерпретация и анализ.
- База данных OMIM описывает связь между полиморфизмами и заболеваниями (например, дает заболевания в текстовой форме)
- dbSAP — база данных полиморфизма одиночных аминокислот для обнаружения вариаций белков
- База данных мутаций генов человека предоставляет генные мутации, вызывающие или связанные с наследственными заболеваниями человека и функциональными SNP
- Международный проект HapMap, где исследователи определяют Пометьте SNP, чтобы иметь возможность определять набор гаплотипов, присутствующих в каждом субъекте.
- GWAS Central позволяет пользователям визуально запрашивать фактические данные ассоциации на уровне сводки в одном или подробнее полногеномные ассоциации исследований.
Рабочая группа International SNP Map составила карту последовательность, фланкирующая каждый SNP, путем выравнивания с геномной последовательностью клонов с большими вставками в генбанке. Эти выравнивания были преобразованы в хромосомные координаты, которые показаны в таблице 1. Этот список значительно увеличился с тех пор, как, например, база данных Kaviar теперь перечисляет 162 миллиона однонуклеотидных вариантов (SNV).
Хромосома Длина(bp) Все SNP TSC SNP Всего SNP kb на SNP Всего SNP kb на SNP 1 214,066,000 129,931 1,65 75,166 2,85 2 222,889,000 103,664 2,15 76,985 2,90 3 186,938,000 93,140 2.01 63,669 2,94 4 169,035,000 84,426 2,00 65,719 2,57 5 170,954,000 117,882 1,45 63,545 2,69 6 165,022,000 96,317 1,71 53,797 3,07 7 149,414,000 71,752 2,08 42,327 3,53 8 125,148,000 57,834 2,16 42,653 2,93 9 107,440,000 62,013 1,73 43,020 2,50 10 127,894,000 61,298 2,09 42,466 3,01 11 129,193,000 84,663 1,53 47,621 2,71 12 125,198,000 59,245 2,11 38,136 3,28 13 93,711,000 53,093 1,77 35,745 2,62 14 89,344,000 44,112 2,03 29,746 3,00 15 73,467,000 37,814 1,94 26,524 2,77 16 74,037,000 38,735 1,91 23,328 3,17 17 73,367,000 34,621 2,12 19,396 3,78 18 73,078,000 45,135 1,62 27,028 2,70 19 56,044,000 25,676 2,18 11,185 5,01 20 63,317,000 29,478 2,15 17,051 3,71 21 33,824,000 20,916 1,62 9,103 3,72 22 33,786,000 28,410 1,19 11,056 3,06 X 131,245,000 34,842 3,77 20,400 6,43 Y 21,753,000 4,193 5,19 1,784 12,19 RefSeq 15,696,674 14,534 1,08 Итого 2,710,164,000 1,419,190 1,91 887,450 3,05 Номенклатура
Номенклатура для SNP может сбивать с толку: для отдельного SNP может существовать несколько вариантов, и консенсус еще не достигнут достигнуто.
Стандарт rs ### — это тот, который был принят dbSNP и использует префикс «rs» для «ссылочного SNP», за которым следует уникальный и произвольный номер. SNP часто упоминаются по их номеру dbSNP rs, как в примерах выше.
Общество вариации генома человека (HGVS) использует стандарт, который предоставляет дополнительную информацию о SNP. Примеры:
- c.76A>T: «c.» для кодирующей области, за которым следует число для положения нуклеотида, за которым следует однобуквенное сокращение для нуклеотида (A, C, G, T или U), за которым следует знак больше («>»), чтобы указать замену с последующим сокращением нуклеотида, который заменяет прежний
- p.Ser123Arg: «p.» для белка, за которым следует трехбуквенное сокращение для аминокислоты, за которым следует номер для положения аминокислоты, за которым следует сокращение аминокислоты, которая заменяет предыдущую.
Анализ SNP
SNP обычно двуаллельны и поэтому легко поддаются анализу. Аналитические методы для обнаружения новых SNP и выявления известных SNP включают:
- секвенирование ДНК ;
- капиллярный электрофорез ;
- масс-спектрометрия ;
- однонитевой конформационный полиморфизм (SSCP);
- одноосновное удлинение ;
- ;
- и гель-электрофорез ;
- полиморфизм длины рестрикционного фрагмента ;
- ;
Программы для прогнозирования эффектов SNP
Важной группой SNP являются те, которые соответствуют миссенс-мутациям, вызывающим амино кислотное изменение на уровне белка. Точечная мутация определенного остатка может по-разному влиять на функцию белка (от отсутствия эффекта до полного нарушения его функции). Обычно изменение аминокислот с аналогичным размером и физико-химическими свойствами (например, замена лейцина на валин) имеет мягкий эффект, и наоборот. Аналогичным образом, если SNP разрушает элементы вторичной структуры (например, замена пролина в области альфа-спирали ), такая мутация обычно может повлиять на структуру и функцию всего белка. Используя эти простые и многие другие правила, полученные из машинного обучения, была разработана группа программ для прогнозирования эффекта SNP:
- SIFT Эта программа дает представление о том, как лабораторно индуцированная миссенс или несинонимичная мутация будет влияют на функцию белка на основе физических свойств аминокислот и гомологии последовательностей.
- СПИСОК (местная идентичность и общие таксоны) оценивает потенциальную вредоносность мутаций, возникающих в результате изменения их функций белков. Он основан на предположении, что вариации, наблюдаемые у близкородственных видов, более значительны при оценке сохранения по сравнению с вариациями у отдаленно родственных видов.
- SNAP2
- SuSPect
- PolyPhen-2
- PredictSNP
- MutationTaster : официальный сайт
- Variant Effect Predictor из проекта Ensembl
- SNPViz Эта программа обеспечивает трехмерное представление затронутого белка с выделением аминокислотного изменения. так врачи могут определить патогенность мутантного белка.
- PROVEAN
- PhyreRisk — это база данных, которая сопоставляет варианты экспериментальным и прогнозируемым белковым структурам.
- Missense3D — это инструмент, который предоставляет стереохимический отчет о влияние миссенс-вариантов на структуру белка.
См. также
- Affymetrix
- HapMap
- Illumina
- Международный проект HapMap
- Короткий тандемный повтор (STR)
- Одноосновное extension
- массив SNP
- генотипирование SNP
- SNPedia
- Snpstr
- вызов SNV из данных NGS
- Тег SNP
- TaqMan
- Вариом
Ссылки
Дополнительная литература
Внешние ссылки
На Викискладе есть материалы, связанные с однонуклеотидным полиморфизмом . - ресурсы NCBI — Введение в SNP от NCBI
- The SNP Consortium LTD — Поиск SNP
- База данных NCBI dbSNP — «центральный репозиторий для замен одноосновных нуклеотидов и коротких делеций и вставок полиморфизмов»
- HGMD — База данных мутаций генов человека, включает редкие мутации и функциональные SNP
- GWAS Central — центральную базу данных результатов генетических ассоциаций на итоговом уровне
- Проект 1000 геномов — Глубокий Каталог генетических вариаций человека
- WatCut — онлайн-инструмент для разработки анализов SNP-RFLP
- SNPStats — SNPStats, веб-инструмент для анализа исследований генетических ассоциаций
- Restriction HomePage — набор инструментов для рестрикции ДНК и обнаружения SNP, включая дизайн мутагенных праймеров
- Американская ассоциация исследований рака Cancer Concepts Fa ctsheet по SNP
- PharmGKB — База знаний по фармакогенетике и фармакогеномике, ресурс для SNP, связанных с ответом на лекарства и исходами заболевания.
- GEN-SNiP — онлайн-инструмент, который определяет полиморфизмы в тестовых последовательностях ДНК.
- Правила номенклатуры генов, генетических маркеров, аллелей и мутаций у мышей и крыс
- Рекомендации HGNC по номенклатуре генов человека
- Предиктор эффекта SNP с интеграцией галактик
- Открытый SNP — портал для обмен собственными результатами теста SNP
- dbSAP — база данных SNP для обнаружения вариаций белков
Однонуклеотидные полиморфизмы как маркеры индивидуальной реакции на хроническое радиационное воздействие
В публикуемой ниже статье рассматриваются вопросы радиобиологии и медицинской генетики. Она содержит результаты исследований, направленных на выявление индивидуальных генетических различий внутри относительно однородной популяции, определяющих фенотипически проявляемую повышенную радиорезистентность. Тем не менее, статья может представлять определенный интерес для постоянных читателей нашего журнала, поскольку продолжение выполненных исследований в перспективе может принести конкретные практические результаты в вопросах обеспечения радиационной безопасности человека. Если вышеупомянутые установленные различия в аллелях одного и того же гена человека допускают инструментальную идентификацию (т. е. могут быть использованы как генетические маркеры), то в отдаленной перспективе их в принципе можно будет использовать для выявления индивидуумов, ткани которых характеризуются повышенной устойчивостью к хроническому облучению с точки зрения вероятности отдаленных стохастических эффектов облучения (прежде всего – возникновения злокачественных новообразований). О генетически обусловленных различиях индивидуальной радиочувствительности по отношению к детерминированным эффектам облучения в статье речь не идет.
Безусловно, консервативно установленные единые критерии радиационной безопасности никогда не будут меняться в зависимости от генотипа конкретного индивидуума. Однако для оптимизации мониторинга состояния здоровья лиц, получавших в прошлом повышенные дозы хронического облучения, могут быть развиты индивидуальные подходы к диагностике его возможных последствий, использующие результаты исследований таких генетических маркеров. Эти результаты могли бы быть полезны также, например при планировании повышенного облучения персонала в соответствии с положениями НРБ-99/2009. Так, предварительная идентификация генетических маркеров лиц из персонала объектов использования атомной энергии могла быть использована для определения круга тех лиц, привлечение которых к ликвидации последствий возможных радиационных аварий на объекте было бы предпочтительным по сравнению со всеми остальными, давшими добровольное согласие на повышенное облучение.
Небольшие пояснения к тексту статьи, которые могут быть полезными читателю, заинтересовавшемуся рассматриваемой проблематикой. Полиморфизм – различие между двумя вариациями одного и того же гена, отвечающего в данной популяции за одну и ту же функцию (как правило, генерацию какого-либо белка). Эти вариации, так называемые аллели, определяются незначительными различиями генетического кода, такими, что это в целом не влияет на выполнение функции (обычно белки, кодируемые разными аллелями одного гена, обладают одинаковыми функциональными свойствами). Однонуклеотидный полиморфизм – наличие двух или более аллелей одного гена, отличающихся заменой только одного нуклеотида.
Строганов А.А., к. ф.-м. н.
Развитие атомной промышленности, а также методов радиационной медицины приводит к расширению сферы контактов человека с источниками радиации. Реакция тканей и организма в целом на радиационное воздействие обусловлена взаимодействием целого ряда клеточных и молекулярных факторов. При хроническом радиационном воздействии невысокой мощности реакция тканей на одинаковые дозы радиации, а также тяжесть негативных последствий облучения варьируются на индивидуальном уровне [1]. В связи с этим, востребована разработка новых технологий реабилитации хронически облучённых людей с использованием индивидуальных подходов к диагностике, оценке радиационных рисков и коррекции выявляемых нарушений.
Актуальность проблемы обусловлена, в частности, последствиями глобальных техногенных катастроф на атомных электростанциях в Чернобыле (Украина) и префектуре Фукусима (Япония), приведших к многочисленным жертвам среди населения и лиц, задействованных в ликвидации аварий.
Установлено, что ионизирующее излучение повышает риск развития злокачественных новообразований (ЗНО) [2, 3]. Риск развития онкологических заболеваний определяется действием многих факторов, как внешних, так и внутренних, обусловленных особенностями метаболизма и наследуемой (генетической) предрасположенностью к заболеванию.
Генетическая составляющая играет важную роль в развитии всех мультифакториальных заболеваний. Так, например, возникновение ЗНО, в среднем, на 30% обусловлено влиянием полиморфизма генов [4], а в случае с аутоиммунными нарушениями этот показатель достигает 50 – 60% [5]. Это позволяет предположить влияние генотипа на риск возникновения отдалённых эффектов облучения, прежде всего, онкопатологии.
В ходе изучения динамики апоптоза облученных культур CD 8+ лимфоцитов, а также по результатам исследований экспрессии генов в группах пациентов с выраженной реакцией на радиационное воздействие было установлено, что основные гены, определяющие радиочувствительность, относятся к системам репарации ДНК, апоптоза и окислительного стресса [6,7]. Полиморфизм этих генов может быть причиной структурно-функциональных изменений белков, а это, в свою очередь, может приводить к отличиям в реакции тканей на облучение. Исходя из этого, нами были разработаны тест-системы для определения кандидатных генетических маркеров, ассоциированных с риском развития отдалённых последствий облучения. На сегодняшний день наиболее удобным маркером с точки зрения технологии и стоимости анализа являются однонуклеотидные полиморфизмы или SNP ( Single Nucleotide Polymorphism ). Часто SNP не связаны с признаком напрямую, однако плотность их распределения в геноме (примерно 1 на 300 п.н.) позволяет отобрать те из них, которые расположены вблизи от генетической вариации, непосредственно влияющей на свойства продукта гена, и наследуются вместе с ней в составе единого локуса. Кроме того, SNP эволюционно стабильны, широко распространены и почти всегда биаллельны, что позволяет легко адаптировать технологию генотипирования к использованию в лечебных учреждениях и диагностических центрах.
В панель кандидатных маркеров вошли пять SNP , расположенных в генах ATM , TGFB 1, XRCC 1, OGG 1, а также четыре маркера, расположенных в интроне 8 q 24 на 8 хромосоме. Выбор кандидатных генов и SNP в них основан на полученных ранее результатах, демонстрирующих достоверную ассоциацию маркеров, расположенных в этих генах с различными клиническими симптомами, обусловленными облучением и, в частности, с повышенным риском развития онкологических заболеваний [8, 9].
Целью исследования стала оценка ассоциации кандидатных SNP -маркеров с формированием фенотипа, характеризующегося повышенной устойчивостью тканей к хроническому облучению. С помощью разработанных тест-систем были определены частоты встречаемости кандидатных SNP -маркеров в группе устойчивых к радиационному воздействию пациентов относительно популяционного контроля.
Материалы и методика
Было обследовано 130 человек. Первую группу (основная группа — Е) составили 30 образцов геномной ДНК из коллекции Уральского научно- практического центра радиационной медицины, полученных от неродственных пациентов – жителей прибрежных сёл р. Теча, подвергшихся длительному комбинированному облучению: внешнему g -облучению и внутреннему, обусловленному инкорпорацией 90 Sr в костную ткань. Медиана накопленной дозы на красный костный мозг составляет 1,23 Зв. Выборка включает представителей русской популяции, а также объединенной группы татарской и башкирской популяций тюркской ветви алтайской языковой семьи (5 и 25 человек, соответственно) 1933-1949 года рождения. Обследованные лица не имели серьёзной соматической патологии. Во вторую группу (популяционный контроль – Р) вошли образцы ДНК, полученные от 100 здоровых представителей русской популяции – доноров первичной кроводачи из коллекции Института иммунологии ФМБА России. В состав группы вошли индивидуумы, проживающие на территории Центрального, Южного, Волжского, Уральского и Северного-западного федеральных округов РФ.
В качестве дополнительного межпопуляционного контроля использовали эталонные выборки из популяций европейского ( CEU − 60 неродственных представителей) и азиатского (СНВ − 45 неродственных представителей) происхождения из базы данных НарМар Национального Центра Биотехнологической Информации США [1] (далее – НарМар).
Выбор генов
На основании полученных ранее экспериментальных данных [10 – 13], а также результатов исследований, подтверждающих влияние полиморфизма генов на чувствительность тканей к радиационному воздействию [8, 9], были выбраны 5 кандидатных SNP -маркеров в четырех генах: ATM (2 маркера), TGFB 1, XRCC 1 и OGG 1 (таблица). Серин-протеиновая киназа ATM ( Ataxia Telangiectasia Mutated ) принимает участие в фосфорилировании белков репарарации ДНК, регуляции механизма апоптоза в ответ на формирование двуцепочечных разрывов ДНК, а также в стабилизации супрессорного опухолевого белка р53. Трансформирующий фактор роста бета TGFB 1 вовлечен в ответ клетки на стрессорное воздействие (цитотоксические препараты, ионизирующее излучение, температурный шок, окислительный стресс), а также является медиатором системы передачи сигнала между компонентами врожденного и приобретенного иммунитета ( KEGG : hsa 04010, hsa 04060). Оба гена являются важными компонентами систем репарации ДНК и регуляции клеточного цикла, нарушения в которых связаны с процессом канцерогенеза ( KEGG : hsa 05200). Гены XRCC 1 и OGG 1 кодируют тесно связанные продукты, регулирующие процесс гомологичной рекомбинации и репарации одноцепочечных разрывов ДНК ( KEGG : hsa 03410).
Кроме того, мы включили в панель несколько маркеров, связанных с повышенным риском развития ЗНО, по результатам полногеномных ассоциативных исследований – GWAS ( Genome — Wide Association Study ) [2] . Этот подход основан на статистической оценке ассоциации генотипа с признаком без учета экспериментальных данных. Было выбрано 4 маркера из региона 8 q 24 на 8 хромосоме, для которых установлена ассоциация с раком простаты, прямой кишки и молочной железы [14–17] (табл. 1). Все SNP -маркеры проверяли на независимое наследование с помощью базы НарМар .
Кандидатные SNP -маркеры, включенные в исследование